当然，如果战时需要的话，他们这些旗中余丁也是可以出战，而且如果表现的好，也有可能直接转为各旗的战兵，以补充各旗的兵损减员。
此时汉军旗约有鸟铳兵一万五千多人，他们分布在汉军各旗之中，余下的才是刀盾兵、枪兵，以及一些炮手。
而最为强大的一股火器力量，则是恭顺王孔有德麾下的天佑军，要知道孔有德与耿仲明麾下将士，可都是以辽人为主，又经登莱巡抚孙元化精心操练，原本就是大明最擅使火器的军队。
可惜在崇祯四年，孔有德奉命率部驰援辽东之时，却因“一只鸡”而引发一场空前的浩劫，与大明而言不弱于一场灾难，而与鞑子来说却是一个大礼包。
原来，崇祯四年的八月时，后金奴酋黄台吉正率军围困大明辽东的大凌河堡，三万余军马人等危在旦夕，身处登州的登莱巡抚孙元化奉朝廷之命，派遣麾下孔有德等八百健卒自陆路支援大凌河。
同年闰十一月二十八日，孔有德等人行进到北直隶的吴桥附近，因遇大雨风雪阻路，不得继续行进，更因部队给养不足，士兵在饥寒交加之下，强取了山东望族王象春家仆的一只鸡。
后事泄，该士兵被“穿箭游营”，因而引起众军士的不满情绪，更由于辽兵素来与山东兵民不和，于是众军士们出营击杀该王象春的家仆。
而王象春之子却因此事不肯罢休，要求彻底查明真相，惩治行凶的众军士，恰逢此时李九成奉孙元化命市马归来，他因把孙元化给的市马钱挥霍一空，恐遭非议。
于是乎，李九成便勾结其子千总李应元，煽动军士哗变，焚烧王象春家庄园，挟持孔有德发动了吴桥兵变。
叛兵在李九成、孔有德等率领下，挥师回指，连陷山东诸县，最终攻克山东重镇登州，并一度进攻包围莱州。
此事，震动大明朝廷，迅速调集各路援军，甚至动用了辽东军将如吴襄、祖宽等将领，最终耗费十八个月才打败了这伙叛军。
当时，李九成已然战死，叛军以孔有德、耿仲明等人为首领，他们因山东登州已无法坚守，不得已之下才狼狈逃窜，最终浮海投降了后金。
此战虽然以明军最终的胜利而结束，似乎是与平定奢安之乱的胜利，一起给明军挽回了一点点虚妄面子，振奋了一点军民的士气。
但登莱局势却也因此番大乱而彻底糜烂，山东腹地也遭到叛军的蹂躏，大明更因此而丧失兵力数万，良将十多员，战舰、大炮、粮钱无算。